Tiksli Girkalnio mokyklos įkūrimo data nėra žinoma, bet jau 1637 metais Girkalnio dvaro surašymo akte minimas mokytojas (tuo metu vadinamas bakalauru) Jonas Bekešas. Taigi jeigu buvo mokytojas, logiška, kad buvo ir mokykla. Mokykla, kaip ir visos, buvo parapijinė. Kitame dokumente, mokyklų vizitatoriaus J.Belozaro raporte, minima, kad Lenkijos kariuomenės rotmistras Ignas Giedraitis 1820 metų birželio 20 d. paskyrė žemės sklypą mokyklos statybai.
Girkalnio parapijos gyventojai suvežė statybinę medžiagą, ir mokykla tais metais buvo pastatyta. Joje mokėsi 40 mokinių. Buvo mokoma skaityti, rašyti, tikybos mokslo, aritmetikos.
Tėvai mokytoją maitino ir mokėdavo 2 rublius per metus algos. 1853 m. Girkalnio parapijinėje mokykloje mokėsi 12 mokinių. Klebonas Volavskis mokė skaityti ir katekizmo 1861m.
Girkalnio mokykloje mokėsi 21 mokinys (kitais duomenimis – 58). 1866 m. buvo atidaryta valdiška mokykla, vadinama „Girtakolskoje narodnoje učilišče”, stovėjusi netoli dabartinės mokyklos. „Tai buvo viena seniausių įkurtų Kauno gubernijoje mokyklų”, – prisimena buvęs mokytojas Vilhelmas Burkevičius. 1883 metais mokytojavo Piotras Ozerovas. Jis gaudavo 200 rublių algos.
Tuo metu mokėsi 56 berniukai ir 1 mergaitė. 1911 metais į šią mokyklą buvo paskirtas antruoju mokytoju Vilhelmas Burkevičius. „Norint ką nors „užkampiu” nubausti, tikrai vargu ar galima buvo visoj Kauno gubernijoj tinkamesnę tam kitą (nei šis „girios kalnas”) vietą surasti.
Vienintelė paguoda – šalia Girkalnio istorinė, Sinkevičiaus „Tvane” minima vieta, Bilevičių dvaras. Mokykla seno tipo, patalpos nuomojamos, ankštos, netinkamos. Lietuvių kalbos reikalais nėra kam rūpintis. Vedėjas gudas, nebejaunas mokytojas, menkai ir pats lietuviškai su žmonėmis tesusikalbąs”, – prisimena V.Burkevičius. „Mokykloje ir miestelyje liepta kalbėti tik rusiškai,- prisimena Kan. Povilas Dogelis.
Mokykloje buvo ir suaugusių, dvidešimt ir daugiau metų turinčių vyrų”. Mokykla sudegė per Pirmąjį pasaulinį karą (1915m.). Po karo Girkalnio mokykla atkurta 1919 m. spalio 22 d. Mokėsi 55 mokiniai. Lėšas skyrė Girkalnio valsčius. Mokytojas gaudavo 200 auksinų algos. Pirmasis mokytojas buvo Stašaitis, vėliau dirbo Antanas Nikšas, o 1923 metais – Juozas Ramanauskas. Mokėsi tąkart 61 mokinys ir veikė trys skyriai. Dažnai mokiniai mokyklą pradėdavo lankyti ne rugsėjo, o lapkričio mėnesį, kai sugindavo į tvartus gyvulius.
Nuo 1924 m. mokyklos vedėju buvo paskirtas Petras Skinderis. Mokyklai patalpos būdavo tuo metu nuomojamos iš Girkalnio gyventojų.
1934 m. buvo pastatytas naujas dviejų aukštų pradžios mokyklos pastatas. Jo antrajame aukšte gyveno mokytojai.
1937 metais buvo atidarytas 5 skyrius, o 1938 – šeštas. 1939 metais buvo išleista pirmoji šešių skyrių pradinės mokyklos laida.
1940 metais Girkalnio mokykloje dirbo 6 mokytojai: Petras Skinderis, Antanina Antanaitytė, Ida Mickūnienė, Antanina Skinderienė, Stasė Mockevičienė, Kotryna Juškaitytė. Lietuvą okupavus sovietams, daugeliui mokytojų teko pasitraukti iš savo darbo vietų, o kai kuriems paragauti ir tremtinio duonos. Toks likimas ištiko ir mokytojų Skinderių šeimą. „Antrojo pasaulinio karo metu mokyklos patalpose buvo įsikūrusi karo ligoninė”, – prisimena buvęs mokinys Jonas Gaižauskas.
1944 m. rugpjūčio – rugsėjo mėnesiais, kai iš beveik visos Raseinių apskrities pasitraukė kariuomenė, prasidėjo mokyklų atkūrimo darbai. 1944 m. buvęs Graužų pradinės mokyklos vedėjas Zigmas Jakubauskas buvo perkeltas į Girkalnį laikinai dirbti šios pradžios mokyklos vedėju. Gerardas Lazdauskas turėjo dirbti mokytoju. Spalio pabaigoje prie jų prisijungė Steponas Juškevičius ir Antanina Antanaitytė. Kartu pradėta organizuoti ir Girkalnio progimnazija. Spalio 21 d. paskirti pirmieji Girkalnio progimnazijos mokytojai: Ignas Rainys ir Juozas Sirtautas. Vėliau – Jonas Dmitrijevas, Jonas Sadauskas, Marija Vaičekauskaitė ir Antanina Antanaitytė. Oficialiai Girkalnio progimnazija laikoma atidaryta nuo 1945 m. kovo 16 d. (Raseinių apskrities VK Švietimo skyriaus vedėjo įsakymas Nr. 25).
Nuo 1949 metų rugsėjo 1 d. visos progimnazijos pradėtos vadinti septynmetėmis mokyklomis. Girkalnio septynmetėje mokykloje mokinių vis daugėjo, todėl nuo 1955 metų ji buvo perorganizuota į vidurinę mokyklą (tuo metu vadinta priaugančia vidurine mokykla). 1
959 metais buvo išleista pirmoji abiturientų laida (baigė 16 moksleivių). Mokykla vis plėtėsi: 1964 m. pastatytas dviejų aukštų keturių klasių mūrinis priestatas, o 1965 metais – dar dešimties klasių priestatas. 1976 metais pastatytas trijų aukštų priestatas su aštuoniais kabinetais. 1976 metais Lietuvos televizija sukūrė dokumentinį filmą „Mokytojas”, kuriame pasakojama apie Girkalnio mokyklos pedagogų gyvenimą ir darbą. Filmas dažnai buvo rodomas Mokytojo dienos proga. Girkalnio vidurinė mokykla gyvavo iki 2001 metų. Iš viso išleistos 43 abiturientų laidos (1082 abiturientai). Turime žinių, jog per visą Girkalnio mokyklos gyvavimo laikotarpį (1637-2003 metais) joje dirbo daugiau kaip 300 mokytojų. Nuo 2001 metų rugsėjo 1 d. Girkalnio vidurinė mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą. 2002 m. išleista pirmoji Girkalnio pagrindinės mokyklos laida – mokyklą baigė 13 dešimtokų. 2003 metais įvyko mokyklos renovacija.
